微生物组是指一个特定环境或生态系统中全部微生物及其遗传信息的集合, 其蕴藏着极为丰富的微生物资源。全面系统地解析微生物组的结构和功能, 将为解决人类面临的能源、生态环境、工农业生产和人体健康等重大问题带来新思路。然而, 微生物组学研究在很大程度上取决于其技术与方法的发展。在高通量测序技术出现以前, 微生物研究主要基于分离培养和指纹图谱等技术, 然而, 由于这些技术存在的缺陷, 人们对于微生物的认识十分有限。自21世纪初以来, 尽管高通量测序和质谱技术的革命性突破极大地促进了人们对于微生物的认识, 微生物组学技术在微生物组研究中的应用仍面临着诸多挑战。此外, 目前微生物组的结构和多样性等描述性研究已臻成熟, 微生物组学研究正处于从数量到质量、从结构到功能的关键转变时期。因此, 该文首先介绍了微生物组学的基本概念及其发展简史, 其次简述了微生物组学研究的相关技术和方法及其发展历程, 并进一步阐述了微生物组学的技术和方法在生态学研究中的应用及存在的主要问题, 最后从技术、理论和应用层面阐述了未来微生物组学技术和方法发展的前沿方向, 并提出了今后微生物组学研究的优先发展领域。

微生物检验包括的项目主要有：

1、食品类（如菌落总数、大肠菌群、霉菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等项目）；

2、健康类（如人体微生物检测、肠道微生物检测、妇科微生物检测等）

3、农业类（如土壤微生物检测）；

4、环境类（如水体微生物检测）；

5、日化用品类（如蜡样芽孢菌）；

6、一次性卫生用品、一次性医疗用品（真菌定性检测）；

7、化妆品（如金黄色葡萄球菌）；

8、水质（如粪大肠菌群）；

9、消毒产品（如无菌试验）；

10、原辅料/药品/药包材（如内毒素检测）；

11、水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品（如肉毒梭菌）；

12、饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品（如嗜酸乳杆菌）。

1、食品类微生物检验项目

食品微生物检验项目主要有：菌落总数、大肠菌群计数、大肠杆菌计数、乳酸菌、霉菌计数、沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、空肠弯曲菌、酵母计数、霍乱弧菌、致病性链球菌、双岐杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、阪崎肠杆菌等。

其中非致病菌为：菌落总数、大肠菌群计数、大肠杆菌计数、霉菌计数、乳酸菌、霉菌计数、酵母计数等

致病菌为：沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、空肠弯曲菌、致病性链球菌、双岐杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌等。

重点需要检测微生物的食品主要有：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵非发酵性豆制品、谷物类、冷冰饮品、糖果、保健品、婴幼儿食品、直接入口食品以及饮用天然矿泉水等。

基本判断：一般食品中活菌数达到108cfu.g时，则可认为食品处于初期腐败阶段。

2、健康类微生物检验项目

人体健康类微生物检验项目主要有：人体微生物检测（如真菌、细菌等）、肠道微生物检测（如大肠杆菌、大肠菌、放线菌等）、妇科微生物检测项目（白带常规检查、支原体和衣原体检查、淋球菌检查等）。

3、农业类微生物检验项目

农业类微生物检验项目主要是针对土壤（适应于农田、蔬菜种植地、果园、牧地、林场等）的微生物检验。

主要检验项目有：菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等各类常规微生物、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属等非常规微生、微生物量碳、微生物量氮、生物多样性等、脲酶、过氧化氢酶、磷酸酶、蔗糖酶、纤维素酶、蛋白酶等、有机质、胡敏酸、富里酸、腐殖质等。

4、环境类微生物检验项目

环境类微生物检验主要是针对特点环境的微生物检验，比如城市用水水库的水质微生物检验，某种特殊空间的空气微生物检验。

主要的检验项目：细菌总数、大肠杆菌、总大肠菌群、耐热大肠菌群、铜绿假单胞菌、军团菌、大肠埃希氏菌、致病菌等。

5、日化用品类微生物检验项目

日化用品微生物检测项目：蜡样芽孢菌、芽孢菌总数、菌落总数、粪大肠菌群、大肠菌群、大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、霉菌和酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、粪链球菌等。

6、一次性卫生用品、一次性医疗用品微生物检验项目

微生物检验主要项目有：细菌总数、大肠菌群、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、溶血性球链菌、真菌菌落总数、真菌定性检测、杀菌性能检测、溶出性抗（抑）菌性能、抑菌性能等。

7、化妆品类微生物检验项目

微生物主要检测项目：菌落总数、霉菌和酵母菌总数、耐热大肠菌群、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、防腐挑战测试等。

8、水质微生物检验项目

水质微生物检验项目主要有：菌落总数、大肠菌群、粪链球菌、铜绿假单胞菌、产气荚膜梭菌、溴酸盐、溴化物、霉菌和酵母、致病菌、军团菌等。

9、消毒产品微生物检验项目

主要检测项目有：微生物杀灭试验、模拟现场与现场试验、抗（抑）菌试验、微生物污染指标、稳定性测试、无菌试验、产品启用后使用有效期试验等。

10、原辅料/药品/药包材微生物检验项目

微生物主要检测项目：微生物限度（大肠埃希菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠菌群及梭菌）检查及方法验证、无菌检查及方法验证、细菌内毒素检查、培养基验证等

11、水产品、畜禽类产品、蛋类、动植物油脂等农产品类微生物检验项目

微生物主要检测项目：菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血性弧菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、致泻大肠埃希氏菌、空肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、蜡样芽胞杆菌等。

12、饲料、饲料原粮、添加剂、饲用酶制剂和宠物食品类微生物检验项目

微生物主要检测项目有：有效活菌数：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌等。